Najstarsze znane obecnie ślady człowieka w jaskiniach Doliny Sąspowskich pochodzą z okresu zlodowacenia Wisły, tj. nie są starsze niż 110 tys. lat. Najbogatsze zespoły zabytków pochodzą z okresów najwcześniejszych, np. ze schroniska Wylotnego. Prof. Chmielewski, ze względu na dużą liczbę szczątków niedźwiedzia jaskiniowego oraz przepalonych węgli w warstwach środkowo i górnopaleolitycznych, wysunął hipotezę o odbywających się w tych okresach polowaniach na niedźwiedzie w jaskiniach. Wstępne wyniki w prowadzonym przez nas projekcie, nie potwierdzają tej teorii.
Zaskakujące są zabytki wiązane z mezolityczną kulturą komornicą, odkryte w schronisku Bramka. Zamieszkiwanie czy użytkowanie schronisk w tym okresie spotykane jest rzadko.
Osadnictwo z okresu neolitu wiązane jest ze znajdującymi się na tym obszarze kopalniami krzemienia, być może schroniska skalne i jaskinie były wykorzystywane jako tymczasowe obozowiska i pracownie krzemieniarskie górników.
W wielu jaskiniach i schroniskach występują ślady aktywności z okresów późniejszych, są one jednak raczej epizodyczne.
Na przestrzeni dziejów jaskinie Doliny Sąspowskiej były nie tylko miejscami zamieszkania, pracowniami krzemieniarskimi, ale także miejscem gdzie chowano zmarłych. Szczątki kostne odkryto między innymi w schronisku Bramka, w jaskini Koziarnia czy w jaskini Tunel Wielki.