Jura Krakowsko-Częstochowska, w tym jaskinie Doliny Sąspowskiej, była przedmiotem zainteresowana już w XIX wieku. Poszukiwania zabytków w jaskiniach prowadził właściciel Ojcowa Jan Zawisza w latach 1871-1881. Dotyczyły one przede wszystkim jaskiń Wierzchowskich Dolnej i Górnej, położonych w Dolinie Bętkowskiej. Postacią, która odcisnęła duże piętno na późniejszych badaniach archeologicznych w Dolinie Sąspowskiej, niestety negatywne, był Oskar Grube. Nie był to jednak badacz starożytności, a raczej sprytny przedsiębiorca. Wybierał on namuliska jaskiń i sprzedawał jako nawóz. Materiał nawozowy uzyskiwano poprzez odsiewanie ziemi od kamieni. Los taki spotkał np. jaskinię Koziarnię. O procederze dowiedział się geolog z Uniwersytetu Wrocławskiego Ferdynand Römer i uzyskał dostęp do zabytków oraz kości zwierzęcych, które nie zostały jeszcze wywiezione bądź zagubione. Opublikował on sprawozdanie ze swoich badań, w tym opisy jaskiń. W tym czasie, na obszarze Jury działał również Gotfryd Ossowski, wysłany przez Krakowską Akademię Umiejętności. Prowadził badania w jaskiniach i jako pierwszy zainteresował się kontekstem odkrywanych zabytków, dokonując opisu osadów. Żadne z przebadanych przez niego stanowisk nie znajdowało się w Dolinie Sąspowskiej.
W 1899 roku opisu topograficznego znanych w XIX wieku jaskiń okolic Prądnika, w tym jego dopływu Sąspówki, dokonał Stanisław J. Czarnocki. Wymieniał on: Jaskinie Sąspowskie Wschodnią i Zachodnią, Koziarnię, Niedostępną, Wylotną, Pustelnię, Krakowską, Białą, Zbójecką, Łokietka (Królewską). Później powstały inne podobne opracowania np. Włodzimierza Demetrykiewicza.
Dokładniejsze badania osadów poprzez profile poprzeczne zapoczątkował na Jurze Stefan Krukowski, jednak to dopiero badania profesoraWaldemara Chmielewskiego uznać można za przełomowe. Przyświecała im idea, że przez analizę jednego mikroregionu, będzie można zdobyć wiedzę o całym regionie, a w ten sposób także o całych pradziejach Polski. Miała to być zatem dokładna analiza jednego obszaru, mająca w przyszłości posłużyć do uogólnień dotyczących większej jednostki terytorialnej. Wykopaliska W.Chmielewskiego prowadzone były w kooperacji ze specjalistką z zakresu geologii prof. Teresą Madeyską, a ich przebieg skrupulatnie dokumentowany.